الأمانة العامة لأوقاف الجامعة مكلفة وفق القواعد التنفيذية لها بإدارة أعمال الأوقاف وتنفيذ قرارات الجمعية العمومية بما يحقق أغراضها. 

يتكون مجلس أمانة أوقاف الجامعة من سبعة أعضاء من ذوي الخبرة في المجال الأكاديمي والعقاري والاستثماري.